Para el cumplimiento de sus atribuciones la CNA se apoya en la Dirección Ejecutiva, instancia técnica y administrativa que se encuentra adscrita presupuestaria y administrativamente al Ministerio de Justicia y Seguridad Pública, cuyas funciones y estructura se detallan a continuación:

Operativamente, la Dirección Ejecutiva de la CNA es apoyada por un grupo de técnicos delegados por cada una de las organizaciones públicas, quienes conforman el Grupo Técnico Interinstitucional (GTI).