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Por medio del Decreto Ejecutivo No. 125,  se reformó el Reglamento Interno del Órgano Ejecutivo, publicado en el Diario Oficial No.227, Tomo No. 373, de fecha 5 de diciembre de 2006, el cual entró en vigencia a partir del 01 de enero de 2007, creando y dando competencia al nuevo Ministerio de Seguridad Pública y Justicia; que a partir del 1 de junio del 2009, se denomina Ministerio de Justicia y Seguridad Pública.

Para el control interno posterior, el Ministerio de Justicia y Seguridad Pública, creó la Dirección de Auditoría Interna, bajo la dependencia directa de la Máxima Autoridad; con plena independencia funcional, en cumplimiento a los Artículos 34 y 35 de la Ley de la Corte de Cuentas de la República.